现有一级学科国家重点学科11个，二级学科国家重点学科19个，国家重点学科覆盖的二级学科博士点占全校博士点总数的61.8%；有15个学科领域进入ESI全球前1%，数量位居全国第二，理工科有3个学科进入了世界前100名，临床医学也初步具备冲击世界一流学科的实力。学校有一大批高水准的科研机构。全校有科研机构410个，其中国家重点实验室5个，省部级重点实验室32个、省部级工程研究中心6个，教育部人文社会科学重点研究基地8个。

学术建设目标是，建设若干具有世界影响的高水平学术中心和一批国家级科技平台，努力产生一批具有中国特色和世界影响的原创性科研成果；围绕国家重大需求，加强科研创新平台的能力建设，提高科研核心竞争力、科技创新能力和决策咨询能力，提升服务国家和区域经济社会建设的水平。

学科建设

学科建设的中期目标是，所有在建学科进入国内前列，一批学科达到国际先进水平，学科国际影响力显著增强。发展规划处负责学科规划、重点学科及学科项目建设的遴选、评估检查和验收。

人文与社会科学

人文与社会科学研究，以文化传承创新为己任，以“国家建设”为核心主题，以中国传统文化和中国问题研究为重心加强国际学术对话与合作。文科科研处是负责全校人文社会科学科研管理的综合性职能部门。

自然科学与工程

自然科学与工程研究，积极面向国际学术前沿，面向国家重大需求和重要问题，注重重大的原创科技成果和质量导向，注重团队的整体学术表现，注重学术成果综合评价。科技处是学校科技管理工作的职能部门。

医学

医学科学长期处于中国的领军位置，传统优良、基础雄厚、学科齐整。上海医学院作为学校党政的派出机构，根据学校授权，管理医科各学院、研究院所和附属医院的人才培养、科学研究、学科建设、对外交流、发展规划。

中国生物检测监测产业技术创新战略联盟